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Em termos de biodiversidade, as águas continentais brasileiras apresentam enorme significado global para Algae (25% das espécies do mundo), Porifera (Demospongiae, 33%), Rotifera (25%), Cladocera (Branchiopoda, 20%) e peixes (21%). Espécies ameaçadas de águas continentais incluem 44 invertebrados (principalmente Porífera) e 134 peixes (principalmente Cyprinodontiformes, Rivulidae), distribuídos principalmente no Sul e Sudeste do Brasil. As razões para o declínio da biodiversidade nos ecossistemas aquáticos continentais brasileiros incluem poluição e eutrofização, assoreamento, construção de represas e controle do regime de cheias, pesca e introduções de espécies. Esses problemas são mais conspícuos nas regiões mais desenvolvidas do país. A maioria das áreas protegidas no país foi criada visando a proteção da flora e fauna terrestres, mas elas também protegem corpos aquáticos e áreas alagáveis representativos. A despeito de serem pouco conhecidas, essas áreas são muito importantes para a conservação da biodiversidade. Assim, um grande e urgente desafio é o levantamento da biodiversidade aquática em áreas protegidas e a realização de levantamentos para um melhor entendimento da diversidade e da distribuição geográfica das espécies nos ecossistemas aquáticos brasileiros. O conceito de “espécies guarda-chuva”(p. ex., certas espécies de peixes migradores) seria extremamente útil na proteção da biodiversidade e dos habitats aquáticos. A proteção e o aprimoramento de técnicas de manejo de corredores fluviais e planícies de inundação associadas, bem como a manutenção de sua …