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Objetivo: Describir la prevalencia de desnutrición infantil y algunas características sociodemográficas asociadas con la desnutrición crónica en menores de cinco años, de localidades de menos de 100 000 habitantes en 2012 y 2018 en México. Material y métodos: Se calcularon prevalencias de bajo peso, desnutrición crónica y emaciación. Se presenta la comparación de la desnutrición crónica por variables sociodemográficas y de diversidad dietética. Se probaron modelos logísticos multivariados entre desnutrición crónica y variables sociodemográficas. Resultados: En 2018, 4.4% presentó bajo peso, 14.9% desnutrición crónica y 1.5% emaciación. La desnutrición crónica fue mayor en hogares indígenas (24.5%), hogares de mayores carencias socioeconómicas (17.5%) y hogares con inseguridad alimentaria moderada/severa (15.3%). La desnutrición crónica se asoció positivamente con habitar hogar indígena y la alta diversidad dietética resultó factor protector de desnutrición crónica. Conclusiones: Se documenta una alta prevalencia de desnutrición crónica asociada con condiciones de alta marginalidad. Es importante fortalecer estrategias diseñadas para contener la desnutrición, sobre todo en las poblaciones de mayores carencias sociales.