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O estudo da diversidade biológica sofreu várias modificações ao longo dos tempos. Desde Darwin todos os métodos para classificar os seres vivos deveriam abordar as relações evolutivas dos grupos estudados. Um desses métodos compreende a construção de cladogramas (gráficos contendo hipóteses de relações filogenéticas). Com o emprego desse método e seu desenvolvimento as classificações biológicas tradicionais sofreram modificações profundas. Grupos como peixes, invertebrados e gimnospermas não são mais considerado grupos válidos e tiveram profundas modificações em sua classificação. No ensino médio no Brasil, o estudo de Zoologia e Botânica geralmente ainda não é realizado dentro de um enfoque evolutivo, mas sim a partir dos modelos da classificação tradicional. Algumas experiências demonstraram que o ensino de Zoologia e Botânica no ensino médio dentro de uma perspectiva evolucionária se torna mais dinâmico e interessante, pois aborda o conhecimento sobre a diversidade biológica considerando as hipóteses filogenéticas para propor modelos de classificação dos organismos.