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A controvérsia sobre uso sustentável de espécies ameaçadas de extinção está no centro de debates internacionais acerca do papel das ciências nas políticas de conservação dos oceanos. No Brasil, essa controvérsia repercutiu em disputas governamentais sobre como recursos pesqueiros devem ser cientificamente avaliados e publicamente administrados. As disputas atravessaram negociações políticas para reversão de proibições de pesca de centenas de espécies enquadradas na Lista Nacional Oficial das Espécies da Fauna Brasileira Ameaçada de Extinção. Instaurada em 2014 pelo Ministério do Meio Ambiente (MMA), a medida gerou o maior protesto do segmento pesqueiro da história do país e deflagrou uma série de conflitos institucionais e jurídicos entre MMA e agências públicas pesqueiras. Na perspectiva dos Estudos Sociais das Ciências, esse artigo analisa a influência dos conhecimentos peritos nas negociações políticas implicadas neste caso. Analisando argumentos de críticos e apoiadores dessas proibições de pesca, compreendemos que no Brasil incertezas científicas sobre o estado de conservação da fauna aquática resultam em práticas de gestão ambiental pública divergentes atuando concomitantemente sobre os mesmos espaços e recursos. Tais práticas, associam visões concorrentes sobre como a administração pública deve lidar com a incerteza científica e coproduzem políticas de gestão da biodiversidade marinha.